A Secretaria Municipal de Saúde é ligada diretamente à prefeitura de Santo André e tem por responsabilidade a gestão plena do Sistema Único de Saúde ( SUS ) no âmbito municipal. Além das ações e serviços de Saúde oferecidos ao município, o órgão é responsável pela formulação e implantação de Políticas, programas e projetos que visem à promoção de uma Saúde de qualidade ao usuário do SUS.

A Secretaria atua nas áreas que visem sanar os problemas de saúde em articulação com os demais órgãos de esfera municipal, estadual e federal; Promover os serviços de assistência médico-hospitalar e odontológica em caráter preventivo e curativo; Gerenciar os programas federais e estaduais implantados no município e garantir o devido funcionamento dos mesmos; Promover campanhas educativas visando incentivar a prevenção e controle de doenças; Gerenciar o Sistema Único de Saúde; Executar outras atividades afins.